Dvarą prie Babtyno kaimo dar XVI a. įkūrė Šiukštų giminė. Pirmieji pastatai čia buvo mediniai. Vėliau dvaras priklausė Andriui Vilimavičiui ir Jokūbui Sauginavičiui. XVIII a., valdant Prozorams, mūru perstatytas Babtynas tapo reprezentaciniu dvaru.
1797 m. Babtynas parduotas Burhardui fon Korfui. Netrukus dvarą įsigijo kunigaikščiai Giedraičiai, valdę jį iki 1830 m. Tuomet dvarą nupirko grafai Benediktas Emanuelis ir Vanda Tiškevičiai, jie pastatė eklektinio stiliaus rūmus. Tiškevičių giminė čia šeimininkavo iki Pirmojo pasaulinio karo. Tarpukariu dvare gyveno, ūkį ir kultūrines tradicijas puoselėjo generolas Vladas Nagevičius (1881–1952), žemės gavęs už Lietuvos kariuomenės kūrimą.
Antrasis pasaulinis karas nutraukė dvaro klestėjimą. Sovietų okupacijos metais čia buvo kolūkio apylinkės kontora, daugiabutis namas.
Nuo 1999 m. prasidėjo naujas dvaro gyvenimo etapas: likusius pastatus įsigijo Mindaugas Šventoraitis ir po truputį dvarą sutvarkė, pritaikė gyvenimui ir kultūrinei veiklai.
Alinos Paurazės nuotraukos.