Baltriškių bažnyčia – medinis liaudies architektūros formų sakralinis pastatas, turintis ir klasicizmo bruožų. Šventovę puošia 20 m. aukščio dviejų tarpsnių bokštas su aukštu piramidiniu stogeliu ir metaliniu kryžiumi. Bažnyčios stogas – laužytais galais, yra trapecinis frontonas. Šventorių juosia akmenų mūro tvora.
Viduje įrengti trys altoriai. Pagrindinis naujausias altorius yra valties formos – tai Bažnyčią reiškiantis ženklas ir Tiberiados bendruomenės simbolis: Kristus yra tarp mūsų, jis ateina kiekvienos Eucharistijos metu. Nuo II amžiaus, kuomet buvo meldžiamasi prie kankinių kapų, Bažnyčioje paplito tradicija į altorius įdėti relikvijų. Altoriuje yra šv. Kazimiero, šv. Jono Pauliaus II ir dar keletas kituose altoriuose buvusių relikvijų. Apsidėje kabo didelis kryžius – tai šv. Damijono Kristus, vienuolio iš Sirijos XII amžiuje nutapytos ikonos reprodukcija. Toks kryžius kabojo šv. Damijono koplyčioje Asyžiuje, Italijoje. Dar būdamas jaunas Pranciškus Asyžietis meldėsi priešais šį atvaizdą ir išgirdo Nukryžiuotojo balsą: „Pranciškau, eik ir atstatyk mano namus, kurie, kaip matai, virsta griuvėsiais.“ Šis kvietimas, aktualus šiandien ir mums bei visiems į Baltriškes atvykstantiems piligrimams. Altoriaus dešinėje stovi šv. Kazimiero statula. Vienoje rankoje jis laiko Evangeliją, ant kurios padėta jo karūna, o kita ranka rodo į altorių.