Popiežius Jonas Paulius II, 1993 m. rudenį, kelioms savaitėms teprabėgus nuo jo kelionės po Lietuvą, lankydamasis Italijoje, La Vernos kalno pranciškonų vienuolyne, brolius pranciškonus paragino pastatyti prie Kryžių kalno vienuolyną. Pranciškonai veikiai atsiliepė į popiežiaus paraginimą. Eremo projektą sukūrė architektai Angelo Polesello ir Nunzio Rimmaudo; statybą prižiūrėjo Šiaulių rajono vyr. architektas A. Jukna. Kertinis vienuolyno akmuo išrėžtas iš La Vernos kalno, jį pašventino popiežius Jonas Paulius II, akmenyje saugoma kapsulė su vienuolyno steigimo dokumentais. Pastatą, stovintį 300 metrų nuo Kryžių kalno, statyti padėjo Toskanos provincijos broliai pranciškonai. Jis iškilmingai pašventintas 2000 m. liepos 8 d.
Vienuolyne įrengta keliolika celių, koplyčia, biblioteka. Koplyčią puošia Algirdo Dovydėno vitražai pranciškonų vienuolijos istorijos tema, išraiškingas altorius, tabernakulis ir pulpitas (autorius – dalininkas Rimantas Sakalauskas). Altoriaus reljefuose atsiskleidžia Kryžių kalno ir La Vernos kalno sąsajos. Ant šio kalno melsdamasis šv. Pranciškus gavo stigmas – Kristaus žaizdas.