Kaip dvaras Bubiai pradėjo formuotis XVIII–XIX a. sandūroje, kai Rusijos carienė Jakaterina II Bubius padovanojo savo favoritui Platonui Zubovui. Dvare buvo pradžios mokykla, kurioje buvo mokoma lietuvių kalbos, 1910 m. įsteigta žemesnioji gyvulininkystės ir pienininkystės mokykla. Nuo XIX a. pabaigos iki 1940 m. Bubių dvaras buvo svarbus kultūrinis ir ūkinis centras.
Kartu su 1908 m. pastatytais rūmais sodybos kompleksui priklauso ir parkas, XIX a. pastatyta ir XX a. pradžioje rekonstruota arklidė, grūdų sandėlis, sodininko namas, sarginė, mokykla, mokytojų namas, trys kumetynai, tvartas, siloso bokštas, dvi daržinės, spirito varykla, spirito saugykla, ūkinis pastatas, namas, lentpjūvė ir joje esanti technika.