Modžiūnai susikūrė per valakų reformą XVI a. 2 pusėje. Modžiūnai smarkiai nukentėjo per gaisrą 1812 m. ir Pirmąjį pasaulinį karą. Kaimas išsiplėtė XX a. pradžioje. Jau išretėjusiame kaime išliko XIX a. pab.-20 a. pr. etnografinių gatvinių vienpusių arba ne visai dvipusių sodybų ir pavienių pastatų: iš tašytų arba apvalių rąstų, sujungtų į kertes dvigalių pirkių su dvišlaičiais stogais, tvartų su diendaržiais, keturšlaičiais stogais, kluonų su dideliais pusskliaučiais, pėdiniais stogais, svirnas.Išlikęs vertingas, 1932 m. statytas medinis Modžiūnų girininkijos pastatas.
