Holokausto ekspozicija pasakoja apie kažkada gausios Lietuvos tautinės mažumos kultūrą, istoriją – žydų kelią nuo jų atvykimo į Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę iki tragiškos žūties XX a. viduryje. „Litvakų civilizacija“ – dingęs pasaulis, liudijęs Vilnių kažkada buvus Lietuvos Jeruzale, o litvakus gyvenus beveik kiekviename kaime, miestelyje ar mieste.
Ši tauta, davusi Lietuvai ir pasauliui peizažistą Isaaką Levitaną, smuikininką Jašą Heifecą, dailininką Chaimą Sutiną, skulptorių Žaką Lipšicą, vaikų gydytoją Cemachą Šabadą, daktaro Aiskaudą prototipą, Antrojo pasaulinio karo metais neteko apie 94 proc. savo žmonių, o Lietuva – lygiai tiek pat savo piliečių. 1941 m. birželio 22 d., kai į Lietuvos teritoriją įžengė nacistinės Vokietijos kariuomenė, šalyje gyveno apie 240 tūkstančių žydų. Karui pasibaigus jų liko maždaug 10 tūkstančių. Apie 94 proc. Lietuvos žydų atgulė Paneriuose, netoli Vilniaus, Kauno IX forte ar duobėse netoli gimtųjų namų – miške ar žydų kapinėse.