Kaunui tapus laikinąja sostine, 1919–1940 m., čia buvo įsikūrusi Lietuvos Respublikos Prezidentūra. Dabar pastate veikia muziejus, šiaurėje eina Šv. Gertrūdos gatvė, pietinėje dalyje, ties Vilniaus gatve, lankytojams atviras Prezidentūros sodelis.
Rūmai pradėti statyti 1846 m. viduryje kaip privatus gyvenamasis namas. Apie 1866 m. sklypas buvo aptvertas metaline tvora, o iš dabartinės Vilniaus g. pusės pradėtas veisti sodas, kuriuo laisvai galėjo naudotis visi norintieji. 1866 m. šiame pastate įsikūrė Kauno gubernatoriaus rezidencija. Pirmojo pasaulinio karo metais jame kurį laiką gyveno Vokietijos kaizeris, buvo įsikūrusi vokiečių karinė administracija.
Tarpukario metais rūmuose 1919–1940 m. dirbo ir gyveno visi trys Lietuvos Respublikos Prezidentai: Antanas Smetona (1919–1920 m. ir 1926–1940 m.), Aleksandras Stulginskis (1920–1922 m. ėjęs Prezidento pareigas, 1922–1926 m.) ir Kazys Grinius (1926 m. birželis–gruodis). Rūmuose 1940 m. birželio 15 d. įvyko paskutinis Lietuvos Respublikos Vyriausybės posėdis prieš prasidedant Lietuvos okupacijai.
Sovietmečiu pastate buvo įkurti Pionierių rūmai, nuo 1955 m. – Mokytojų namai; rūmuose veikė kino teatras, biblioteka. 1989 m. pastatas perduotas Vytauto Didžiojo karo muziejui.
1996 m. Istorinės Prezidentūros sodelyje pastatytos skulptūros A. Smetonai (skulptorius A. Vaura), A. Stulginskiui (skulptorius V. Narutis) ir K. Griniui (skulptorius S. Žirgulis) atminti. 1998 m. pradėta su pertraukomis vykusi rūmų restauracija. Nuo 2004 m. rūmai buvo pavesti Lietuvos Respublikos Prezidento kanceliarijos žinion, kuri 2005 m. liepos 3 d. juos perdavė Nacionaliniam M. K. Čiurlionio dailės muziejui. 2005 m.liepos 5 d. įvyko simbolinis Prezidentūros atidarymas plačiajai visuomenei.
Dabar Istorinė Prezidentūra yra Nacionalinio M. K. Čiurlionio Dailės muziejaus filialas, kuriame be nuolatinių bei laikinų parodų ir ekspozicijų vyksta įvairios konferencijos, knygų pristatymai, diskusijos, konkursai, viktorinos, žinių turnyrai iš Pirmosios Lietuvos Respublikos istorijos ir kiti renginiai. Nuo 2011 m. Istorinė Prezidentūra kartu su partneriais centrinėmis Kauno miesto gatvėmis rengia bėgimą „Ir stok už garbę Lietuvos!“.
Šiuo metu Istorinėje Prezidentūroje galima aplankyti Prezidento darbo kambarį, Audiencijų salę, Budinčiojo karininko kabinetą, išvysti autentiškus įspūdingais medžio drožiniais puoštus laiptus, paauksuotus veidrodžius.