Trakų kenesa stovėjusi nuo XIV a. pab. karaimų gyventoje teritorijoje, Mažajame mieste. XVI a. pr. ji sudegė ir buvo atstatyta 1533 m. Po to dar kelis kartus iki XVIII a. griauta ir atstatyta. 1727 ir 1773 m. pastatas apgadintas, po to remontuotas. Kenesa degė per 1794 metų gaisrą. Savo aukomis ją atstatyti padėjo Slucko ir Krymo karaimai. 1812 metais kenesą sudegino per Trakus ėję prancūzų kariai. Medinę kenesą atstatė tik XIX a. pirmąjame ketvirtyje. 1903-1904 m. ji rekonstruota pagal 1898-1899 metais parengtą projektą. Darbai buvo vykdomi karaimų dvasininko Felikso Maleckio iniciatyva ir surinktomis lėšomis. Prie darbų prisidėjo ir inžinierius Michailas Prozorovas. Prie kenesos veikė mokykla.
Trakų kenesa yra kvadrato formos, vieno aukšto, dviejų patalpų pastatas. Į sale, vyrų dalį, patenkama iš prieangio per tris įėjimus. Tame pat prieangyje įrengti laiptai į balkoną, moterų dalį. Balkoną laiko 4 medinės kolonos. Patalpos lubos – aštuonbriaunis kupolas, dažytas mėlynai. Pastato pamatai sumūryti iš akmenų, tinkuoti. Tašytų rąstų sienos tinkuotos iš vidaus ir išorės. Stogas keturšlaitis, dviejų pakopų, virš jo įtaisytas keturkampio plano žibintas. Pagrindinis pastato fasadas asimetriškas, aukštai išdėstyti arkiniai langai su profiliuotais apvadais.