Lapių Šv. Jono Krikštytojo bažnyčia stovi Lapių gyvenvietėje, Neries dešiniajame krante. Bažnyčia turi renesanso architektūros bruožų, tačiau presbiterijos arka primena gotiką. Pamatai: akmens mūro. Sienos: molio plytų mūro, tinkuotos. Stogas: dvišlaitis, medinės konstrukcijos, dengtas skarda. Bažnyčia beveik kvadratinio plano, trinavė, halinė. Pagrindinis fasadas simetriškas. Ašyje išsikiša bokštas, kurio viršutinis tarpsnis yra medinis. Arka atskiria presbiteriją. Bokšto apatinį tarpsnį dengia kryžminiai skliautukai. Altoriai XIX a. neobarokinių formų.