Mokyklą – juvenatą tėvai Marijonai atidarė 1921 metais vienuolyno patalpose, o 1923 metais pastatytas šis trijų aukštų pastatas – berniukų gimnazija su bendrabučiu. Norinčių mokytis Marijonų gimnazijoje buvo gana daug. Į ją buvo priimami berniukai nuo dvylikos metų. Kunigų marijonų vienuolija, Marijonų gimnazijos steigėja, stengėsi priimti kuo daugiau neturtingų tėvų vaikų atleisdama juos nuo mokesčio už mokslą. Svarbiausias gimnazijos uždavinys – paruošti jaunuolius aukštajam mokslui ir išsiugdyti kandidatų savajai kongregacijai.
Ši klasikinė gimnazija formavo tvirtus žinių pagrindus. Be kalbų didelis dėmesys buvo skiriamas filosofijai, fizikai, matematikai, gamtos ir visuomenės mokslams, istorijai, braižybai, dailyraščiui ir fizinei kultūrai. Marijonų gimnazijoje veikė eucharistininkų, literatų, visuomeninkų, abstinentų, sportininkų, dramos mėgėjų būreliai. Tarpukaryje daug Marijampolės marijonų gimnazijos auklėtinių tapo mokytojais, kunigais, gydytojais, inžinieriais, teisininkais ir kitų sričių darbuotojais. 1940 metais gimnazija uždaryta. Atgavus nepriklausomybę, 1997 metais mokyklos veikla atgaivinta, o 2008 metais ji pertvarkyta į gimnaziją.