1992 m. susikūrė grupė, kurios tikslas buvo pastatyti mieste antrąją katalikų bažnyčią ir atkurti parapiją naujoje miesto dalyje. 1993 m. sausio 16 d. buvo sudaryta tarpžinybinė komisija naujų maldos namų vietai parinkti. 1994 m. birželį būsimosios bažnyčios vietoje pašventintas kryžius. 1996 m. gegužės 12 d. naujosios bažnyčios statybos teritorijoje, virš iškilusių būsimojo centrinio altoriaus pamatų, buvo laikomos pirmosios Šv. Mišios, kurias laikė Telšių vyskupas Antanas Vaičius. Tą pačią dieną buvo pašventintas ir šios bažnyčios kertinis akmuo. 2004 m. bažnyčios statybas 650 000 Lt suma parėmė bendrovė AB „Mažeikių nafta“.
