Dabartinėje vietoje, Merkio kilpos dešiniajame krante, Merkinės dvaras įsikūrė XV-XVI a. Įvairiu metu Merkinės dvaras priklausė Mongirdams, Radviloms, Sluškoms, Potockiams, Duninams, Sanguškoms bei Korsakams. 1767 m. iš Korsakų šias valdas nupirko LDK referendorius, kanauninkas Povilas Ksaveras Bžostovskis (Paweł Ksawery Brzostowski, 1739-1827). 1769 m. savo vardu pavadintame Pavlovo dvare, sujungtame su Turgelių palivarku, jis įkūrė Vidurio ir Rytų Europoje precedento neturėjusią valstiečių savivaldos bendruomenę, vadinamą Pavlovo respublika.
Savanorišku susitarimu su valstiečiais buvo priimti Pavlovo Respublikos nuostatai. Čia pradėtos radikalios ūkio ir socialinės reformos: pamažu likviduota baudžiava, lažas pakeistas piniginiu mokesčiu, valstiečiams Pavlovo respublikos ribose suteikta asmens laisvė, leista laisvai tvarkyti savo turtą, iš dalies ir žemę, verstis prekyba ir amatais. Prezidento (dvaro savininko) kartu su renkamais valdžios organais valdoma Respublika turėjo savo pinigus, banką, antspaudą, dviejų pakopų teismą, mokyklą, gydytoją, tvarkai palaikyti sukūrė policiją iš 137 jaunų vyrų. Dvaro pajamos iki 1784 m. padidėjo daugiau nei 2 kartus. 1791 m. Ketverių metų Seimas oficialiai pripažino Respubliką ir patvirtino jos konstituciją.
Pavlovo valstiečių armija aktyviai dalyvavo 1794 m. sukilime, birželį dvare buvo apsistojęs vyriausias sukilimo Lietuvoje vadas Jokūbas Jasinskis (1761-1794). Sukilimui pralaimėjus P. K. Bžostovskis perleido dvaro turtus grafui F. Mošinskiui (F. Moszyński, 1738-1817) mainais į dvarelį Saksonijoje ir rūmus Drezdene, tačiau Rusijos imperijoje nebebuvo sąlygų tęsti reformas. 1799 m. dvaras parduotas grafui Oktavijui de Šuazel-Gufjė (O. de Choiseul-Gouffier). Jo valdymo metu greičiausiai perstatyti dvaro rūmai. Nuo 1834 m. daugiau nei 50 metų Pavlovą valdė Kobylinskių (Kobyliński) šeima. Tuo laikotarpiu taip pat intensyviai vyko pagrindinės mūrinės statybos. XIX a. pab. dvaras atitenka Zabvieloms, vėliau von Delvigams. 1912 m. dvarą nupirko Didžiųjų Šalčininkų savininkas Witoldas Wagneris (Witold Wagner), išbuvęs savininku iki 1939 m.