Merkinės muziejaus istorija skaičiuojama nuo 1956 m., kai mokytojo Juozo Vitkaus iniciatyva Merkinės vidurinėje mokykloje buvo atidaryta pirmoji surinktų senienų ekspozicija. Nuolat pildomi muziejaus rinkiniai 1968 m. iš mokyklos perkelti į Antrojo pasaulinio karo metais uždarytą cerkvę. Cerkvė miesto centre iškilo 1888 m. vietoje caro valdžios atstovų sprendimu nugriautos Merkines miesto rotušės, išstovėjusios čia tris šimtmečius.
2013 m. Merkinės muziejus atvėrė duris su atnaujinta ekspozicija, kurioje – Akmens, žalvario ir geležies amžiams priskiriami radiniai, liudijantys apie pirmųjų gyventojų įsikūrimą Merkinės apylinkėse;- XVI – XVIII a. Merkinės miesto šlovę primenantis 1670 m. Jono Delamarso Vilniuje nulietas puošnus Merkinės rotušės varpas, įspūdinga koklių kolekcija, kiti archeologiniai radiniai, istorinės rotušės maketas; – XIX a. pabaigos ir XX a. pradžios eksponatai, bylojantys Merkinės miestelėnų ir šio krašto žmonių gyvenimą sudėtingų istorinių įvykių šviesoje. Tai maldaknygės, nuotraukos, dokumentai, asmeniniai daiktai;- XX amžiaus dokumentai, nuotraukos, ginklai ir kitos muziejinės vertybės, liudijančios apie okupacijas, holokaustą, tremtį ir Lietuvos partizanų kovą už Tėvynės laisvę.
Aplankę muziejų ne tik pamatysite šiuolaikiškai įrengtą ekspoziciją, pasižiūrėsite pasirinktą filmą iš videotekos, bet ir turėsite galimybę išgirsti legendomis apipintų pasakojimų apie Lenkijos karaliaus ir Lietuvos Didžiojo kunigaikščio Vladislovo Vazos IV mirtį Merkinėje 1648 m., Lietuvos partizanų įvykdytą Merkinės puolimą 1945 m. ir kitas šio krašto istorijas…
Norintiems geriau pažinti Merkinę siūlome gido paslaugas. Pėsčiomis aplankysime svarbiausius istorinius objektus: seniausią Dainavos krašto bažnyčią, įkopsime į V. Krėvės apdainuotą piliakalnį, apžiūrėsime namą, vadinamą Valdovų rūmais, žydų sinagogą, pagerbsime holokausto aukas, o viename didžiausių Lietuvoje rezistencijai skirtų memorialų – Merkinės kryžių kalnelyje – nusilenksime žuvusiems už Lietuvos laisvę.