Navininkų piliakalnis buvo įrengtas atskiroje kalvoje, Šaltinio dešiniajame krante. Piliakalnio aikštelė buvo pailga šiaurės – pietų kryptimi, pietinėje pusėje buvo pylimas. Daugiau duomenų apie ją nėra, nes didžioji piliakalnio dalis XX a. pradžioje nukasta ir nuvežta į geležinkelio Alytus–Suvalkai sampilą. Išliko tik 8 m aukščio viršuje šiaurės vakarinio šlaito apatinė dalis su dirbtinai suformuota 10×15 m dydžio aikštele viršuje. Piliakalnio liekanos dirvonuoja, rytiniame ir šiaurės vakariniame šlaituose auga medžių guotai.
