Pirmoji totorių Nemėžio mečetė pastatyta dar 1684 m., buvo medinė, su bokšteliu, bet ji sudegė. Dabartinė Nemėžio mečetė pastatyta 1909 m. pagal inžinieriaus A. Sonino projektą, atskiros patalpos vyrams ir moterims. Sovietmečiu ji buvo paversta sandėliu. Mečetė medinė, stačiakampio plano, keturšlaičiu skardiniu stogu. Mekos pusėje yra priestatas. Stogo viršuje yra nedidelis minareto bokštelis.
