Paberžės piliakalnis įrengtas Paberžės upelio kranto kyšulyje, kurį šiaurės vakaruose, pietvakariuose ir pietryčiuose juosia upelio slėnis, o šiaurės rytuose – gretima aukštuma. Piliakalnis stūkso ties Šilų ir Paberžės kaimų sandūra, Jonavos rajone.
Piliakalnio šlaitai nuo slėnio statūs (iki 7 m aukščio). Viršuje yra 12 m ilgio ir 8-9 m pločio aikštelė. Jos šiaurės rytiniame gale įrengtas 1,8 m aukščio pylimėlis, kurio išorinis šlaitas nusileidžia į 19 m ilgio griovą. Kito pylimo pėdsakų išlikę aikštelės pietvakariniame gale. Piliakalnio šlaituose, 2 m žemiau aikštės anksčiau buvo terasa, kuri geriausiai išlikusi piliakalnio šiaurės vakariniame šlaite. Piliakalnio gyvenvietė yra į šiaurės vakarus nuo piliakalnio esančioje kalvelėje nuolaidžiais šlaitais ir piliakalnio pietinėje papėdėje.