Padubysio piliakalnis įrengtas Dubysos dešiniojo kranto aukštutinės terasos kyšulyje, iš dviejų pusių jį juosia bevardžiai upeliai. Aikštelė netaisyklingo keturkampio formos, orientuota šiaurės vakarų – pietryčių kryptimi, 60 m ilgio,10-32 m pločio. Jos pietryčių pakraštyje supiltas 0,7 m aukščio, 12 m pločio pylimas, 3 m žemiau jo yra 9 m pločio terasa. Šiaurės vakarų pakraštyje supiltas 2 m aukščio, 13 m pločio pylimas, kurio išorinis 3 m aukščio šlaitas leidžiasi į 18 m ilgio, 10 m pločio, 2 m gylio griovį. Pietiniame šlaite, 3 m žemiau aikštelės yra 11 m ilgio, šiaurėje 25 m pločio terasa. Šlaitai statūs, 30 m aukščio.
Piliakalnis apardytas arimų, aikštelės šiaurės vakarų dalis – bulviarūsių. Piliakalnis dirvonuoja, šlaitai apaugę lapuočiais medžiais.
