Pakisio piliakalnis yra Šilalės rajone, tarp Pakisio ir Pajūrio, dešiniajame Jūros upės krante, prie Kisės žiočių.
Aikštelė ovali, pailga, ištįsusi rytų-vakarų kryptimi. Jos pietinę ir vakarinę puses lanku juosia 6 m aukščio ir 36 m pločio pylimas, kurio išorinis 11 m aukščio šlaitas leidžiasi į 9 m pločio ir 3 m gylio griovį. Piliakalnis apaugęs lapuočiais.
Vakarinėje papėdėje, 1 ha plote yra papėdės gyvenvietė, kurioje rasta lipdytos ir žiestos keramikos, molio tinko. 150 m į šiaurės rytus yra X-XIII a. Kunigiškių senkapis (tirtas 1971 m.).
200 m į šiaurę nuo piliakalnio, Kisės kairiajame krante yra Aukuru vadinamas Kunigiškių akmuo (tyrinėtas 1971 m.).