Pirmoji bažnyčia Raseiniuose pastatyta 1416–1421 m. (viena pirmųjų Žemaitijoje). Žemaičių vyskupas Jurgis Tiškevičius leido prie bažnyčios įsikurti dominikonų vienuoliams. Jiems 1642 m. atiteko apie 300 valakų žemės. Dominikonai 1663 m. pastatė mūrinę bažnyčią, 1682 m. – dviaukštį mūrinį vienuolyną. 1729 m. bažnyčia ir vienuolynas apdegė. Vienuolyno viršininko Klemenso Šatranavičiaus iniciatyva bažnyčia atstatyta.
Raseiniuose 1720 m. įkurtas karmelitų vienuolynas. Jis buvo medinis ir 1780 m. nukentėjo nuo gaisro. 1760–1768 m. perstatytas vienuolynas. Bažnyčią 1776–1783 m. suremontavo vienuolyno viršininkas kunigas Liudvikas Grincevičius. XIX a. pradžioje veikė parapinė mokykla. Vienuolyno bibliotekoje 1827 m. buvo 402 knygos. Dominikonams 1832 m. priklausė Alėjų palivarkas su Alėjų, Plauginių kaimais ir Skirbų dvaras su Arškainių, Baraičių, Girdaičių, Meištų kaimais. 1794 m. sudegė bažnyčia ir vienuolynas.
1795 m. pastatyti laikini. Iki 1827 m. pradėta statyti mūrinė bažnyčia. Ji neužbaigta, vienuolynas uždarytas; 1853 m. perduotas evangelikų liuteronų bendruomenei. Raseinių pijorams 1743 m. dovanotas Dūkštų palivarkas prie Neries. Jis 1768 m. išnuomotas Vilniaus pijorams. Raseinių pijorai 1766 m. pastatė bažnyčią: 1786 m. – vienuolyną, 1787 m. – mokyklą (visi mediniai). 1832 m. uždarius vienuolyną jo bibliotekoje rasta 1112 knygų lenkų, lotynų ir rusų kalbomis.
1863 m. pastatyta nauja zakristija, 1864 m. bažnyčia, koplyčia ir bokštai uždengti cinkuota skarda, sudėtos naujos grindys. 1886 m. uždarytas vienuolynas, o bažnyčia perduota kunigams pasauliečiams. 1904 m. vienuolynos pastatai taip pat perduoti kunigams pasauliečiams.
Dominikonai į Raseinius vėl atvyko 1932 m. Raseiniai 1935 m. tapo Lietuvos dominikonų provincijos centru. Vienuoliai suremontavo bažnyčią ir vienuolyną, įrengė vargšų valgyklą, Lurdo kopyčią (pagal inžinieriaus Antano Adomėno projektą). Po Antrojo pasaulinio karo vienuolyne įkurdinta biblioteka. Antrojo pasaulinio karo metu bažnyčia stipriai nukentėjo. Pokariu bažnyčios atstatymą pradėjo salezietis vienuolis Boleslovas Lukošius, nuo 1947 m. tęsė klebonas Rapolas Pūkis, o užbaigė klebonas Juozapas Meidus. Bažnyčios vidus remontuotas 1956 m. ir naujai dekoruotas apie 1980 m. Po 1956 m. centriniame altoriuje buvusios keturių dominikonų skulptūros buvo išvežtos į Alėjų bažnyčią.
1955-1957 m. Raseiniuose kaip altarista tarnavo iš Sibiro grįžęs Juozapas Matulaitis-Labukas – būsimasis Kauno arkivyskupijos ir Vilkaviškio vyskupijos apaštališkasis administratorius. 1985-1987 m. vikaru Raseiniuose dirbo kun. Jonas Ivanauskas – būsimasis Kaišiadorių vyskupas ordinaras. 1959-1962 m. Kaišiadorių vyskupiją valdė kan. Juozas Meidus, kuris 1950-1959 m. ėjo Raseinių parapijos klebono pareigas.
2008 m. sutvarkytas bažnyčios vidus, perdažyti sienos ir suolai, stogas. Pagal Reginos Žukauskienės projektą pagamintas naujas altorius, pulpitas.