Vietovė minima ir pirmaisiais kryžiuočių invazijos metais. Manoma, kad čia, būsimo dvaro teritorijoje, 1380 m. gegužės 31 d. tarp LDK kunigaikščio Jogailos ir Vokiečių ordino didžiojo magistro Vinricho fon Kniprodės buvo sudaryta garsioji Dovydiškių sutartis.
1784 m. Šiaudiniškių dvaras priklausė Kauno voiskiui Mejerui; dvare veikė vėjo malūnas. Manoma, kad tuomet ir buvo pastatyti vienaaukščiai mūriniai klasicizmo stiliaus rūmai, kurių portiką laikė šešios apvalios kolonos (po tris kiekvienoje pusėje). Iš neseniai atidengtų erdvių aiškėja, kad centrinė pastato dalis turėjo būti dviaukštė – liko „rankovės” laiptams. Dėl kažkokių priežasčių sumanymas liko neįgyvendintu. Kai 1812 m. čia trumpai apsigyveno Napoleono armijos kavaleristai, mūriniai rūmai jau stovėjo. Apvalias fasado kolonas puošė jungė kaltiniai „kiaurieji” langai. Atrodo, kad jų likučiai dar kabojo ankstyvuoju sovietmečiu.
1827 m. dvare užfiksuota 15 gyvenamųjų namų su 169 gyventojais. 1889 metais dvare gyveno 181 gyventojai: 163 lietuviai, 15 vokiečių ir 3 lenkai). XIX a. pab. užėmė 1317 margų (iš jų – pusę užėmė pievos) plotą. Dvaro teritorijoje stovėjo 12 mūrinių ir 14 medinių namų. 1901 m. aptikti tik 4 mediniai, 2 mūriniai ir vienas molio statinys. 1914 m. rugsėjo mėnesį vokiečiai padegė dvarą; tiesa, neaišku, ar jis labai nukentėjo.
Tarpukariu paskutiniuoju dvarininku buvo Isakas Aprilius, kuris vertėsi ir sūrių gamyba: tam buvo skirti didžiuliai arkiniai rūsiai, įrengti po visu pastatu. Į pastatą atvedė vandentiekį (rūsyje išliko ir šulinys). Pirmajame dvaro aukšte veikė pradžios mokykla. Užėję sovietai nacionalizavo dvarą ir I. Aprilis išsikėlė į Alvitą, kur dirbo vaistininku. 1941 m. birželio 18 d. Aprilių ištrėmė į Altajaus kraštą.
1969 m. dvare prasidėjęs remontas (ši data įamžinta frontone). Darbai truko vienuolika metų. Tarp kolonų įterpė didžiulius langus, išmargintus įvairių spalvų stiklo mozaikomis. Išliko patrauklūs rūsiai, kurie ilgai kentėjo nuo vandens apsemties. Dabar pastatą įsigijo vietinis gyventojas ir vėl jį sparčiai tvarko. Keliolika metrų į šiaurę – dviaukštis mūrinis raudonų plytų ūkinis pastatas, iškilęs XIX a. antroje pusėje. Deja, ir jis sugadintas – „prilipinti” sovietmečio laikų priestatai. Per dvarvietės teritoriją teka upelis, primenantis griovį.