Pirmosios žinios apie Šilo Pavėžupio dvarą siekia XVI amžių. I.Sprogis savo 1575 metų geografiniame žodyne mini prie Vėžupio upelio esantį Šilo dvarą. Vėliau ši vietovė imta vadinti abiem vardais.XVIII amžiaus viduryje Šilo Pavėžupio bajoraitę Radavičiūtę vedė Petras Putvinskis. Putvinskiai dvarą valdė iki pat nacionalizacijos. 1944 metais Šilo Pavėžupio atsidūrė fronto linijoje. Sudegė daug ūkinių pastatų. Apie 1825 metus statyti mediniai dvaro rūmai tuomet išliko, tačiau dabar jų nebėra. Putvinskių namą sunaikino 1983 metų sausio 5-ąją kilęs gaisras. Jo vietoje pastatytas akmuo su garsaus Paberžės vienuolio Stanislovo dovanota saulute. Vis dar tebestovi medinis dvaro svirnas.
