Didiko Petro Šiukštos rūpesčiu 1635 m. vietoj medinės bažnyčios pradėta statyti mūrinė. 1902-1919 m. bažnyčia buvo suremontuota (tokia liko iki šių dienų). Apytalaukio Šv. Apaštalų Petro ir Povilo bažnyčia yra barokinė, turinti Renesanso bruožų. Ji – lotyniško kryžiaus plano su vakarų pusėje įrengtu varpinės bokštu. Bažnyčios vidų dengia cilindriniai skliautai. Šalia bažnyčios yra parapijinės kapinės. Kapinėse ir bažnyčios rūsiuose palaidoti Apytalaukio savininkų Šiukštų ir Zabielų palikuonys.
