Šv.Pranciškaus Ksavero bažnyčia vėlyvojo baroko stiliaus, stačiakampio plano, dvibokštė, su pusapskrite apside. Vidus 3 navų. Į Rotušės aikštę atgręžtas bažnyčios fasadas profiliuotais karnizais ir laiptuotomis frizų juostomis skaidomas į tris tarpsnius. Vertikalumą ir vidaus erdvės organizavimą atspindi fasadą dalinantys dvibriauniai piliastrai. Centrinę pastato ašį ženklina dvibriauniais piliastrais ir pertrauktu pusapkritiminiu sandriku aprėmintos durys, virš jų, antrame tarpsnyje įkomponuotas aukštas segmentinis langas, puoštas polichromine tapyba ir įrėmintas siaurais dvibriauniais piliastrais.
Trečiame tarpsnyje centrinę vertikalę vainikuoja pusapskritiminė niša, apvesta archivoltu su dekoratyviniu raktu. Ant piliastrų kompoziciniais kapiteliais iškeltas trikampis frontonas, kurio timpaną puošia keturlapio formos niša. Galutinai centrinę bažnyčios ašį užbaigia ažūrinis kaltinis kryžius.Kampiniais piliastrais atskirti bokštai nuo fasado plokštumos atsiplėšia trečiajame tarpsnyje. Visi bokštų tarpsniai puošti skirtingų formų nišomis.