Trakų Švč. Dievo Motinos Gimimo cerkvę statyti Trakuose buvo nuspręsta 1861 m. Cerkvės statybos darbai prasidėjo 1862 m. gegužės 8 d., kai cerkvės statybos darbų priežiūrai vykdyti buvo paskirtas Valstybės turtų rūmų inžinierius A. Polozovas.Inžinierius A. Polozovas pritaikė tipinį cerkvės projektą pasirinktai statybos vietai. Mūrinis pastatas liko standartinės struktūros ir formų stačiatikių kulto statiniu be jokių individualių bruožų.1862 m. rugpjūčio 18 d. įvyko statybos darbų pradžios iškilmės, o 1863 m. rugsėjo 22 d. cerkvė jau buvo pašventinta, suteikiant jai seniau miesto pietiniame gale buvusios Skaisčiausios Dievo Motinos cerkvės vardą.
Pastatyta cerkvė neturėjo varpinės. Jos projektą 1868 m. parengė architektas Samoilovas. Cerkvė statyta 1863 m. Lietuvoje vykusio sukilimo prieš Rusijos imperijos valdžią numalšinimui paminėti.Cerkvė nukentėjo I pasaulinio karo metais, kai apšaudant mieste įsitvirtinusių rusų pozicijas, buvo nugriauti cerkvės bokštai ir nuplėštas stogas.