Vyskupiškių piliakalnis įrengtas Veiviržo dešiniajame krante, ties santaka su Juodupiu esančiame kranto kyšulyje. Aikštelė keturkampė, pailga rytų – vakarų kryptimi, 60 m ilgio, 30 m pločio vakariniame gale. Jos rytiniame krašte supiltas 12 m ilgio, 1,5 m aukščio, 11 m pločio pylimas 2,5 m aukščio išoriniu šlaitu.Į rytus nuo pylimo yra pirmasis papilys. Jo aikštelė keturkampė, pailga rytų – vakarų kryptimi, 70 m ilgio, 16-18 m pločio. Jos rytiniame krašte yra 8 m pločio, 3 m gylio griovys. Į vakarus nuo piliakalnio, Juodupio dešiniajame krante, atskiroje kalvoje yra antrasis papilys. Aikštelė trikampė, pailga pietvakarių – šiaurės rytų kryptimi, 19 m ilgio, 15 m pločio pietvakarinėje dalyje, šiaurinė dalis 1 m aukštesnė. Papilio pietvakarių šlaitas 3 m aukštyje nuo aikštelės dirbtinai statintas. Piliakalnio ir papilių šlaitai statūs, 12-14 m aukščio.
