Žemaičių muziejuje eksponuojami pasaulinio garso dailininkų paveikslai – L. Kranacho, A. Karačio, F.K. Fabro, J.B. Lampio ir kt., taip pat lietuvių tapytojų – P. Smuglevičiaus, V. Slendzinskio, K. Rusecko, M. Kuliešos, J. Oleškevičiaus, A. Valeškos, T. Valiaus, V. Valiaus, J. Bagdono, J. Vienožinskio, A. Galdiko originalūs darbai. Be vaizduojamosios dailės, saugomi taikomosios dailės eksponatai, kaip renesanso, baroko, klasicizmo stiliaus baldai, XVIII–XIX a. gobelenai, vertingi senieji spaudiniai, fotografijos, archeologiniai radiniai iš akmens, geležies amžiaus stovyklų, gyvenviečių ir kapinynų. Gausus etnografijos paveldas – tai žemdirbystės, amatų, buities daiktai, iš kurių ypač originalios kultuvių, lazdų, prieverpstėlių, rankšluostinių bei senųjų žemaičių audinių kolekcijos. Išskirtinę vietą užima kalvystės meno dirbiniai – antkapiniai kryžiai ir koplytėlių viršūnės (saulutės). Surinkta ypač vertinga senoji medinių skulptūrų kolekcija.
