Žemaičių Vyskupystės muziejus įkurtas 1999 m. vėlyvojo baroko pastate, buvusiuose Varnių Žemaičių kunigų seminarijos rūmuose, pastatytuose 1770 m. vyskupo Jono Dominyko Lopacinskio pastangomis. Žemaičių vyskupystės muziejus pristato vieną iš dviejų buvusių Lietuvoje vyskupijų XV–XX a. pr. – Žemaičių (Medininkų) vyskupiją, kurios centras beveik 450 metų buvo Varniai, užėmę ypatingą vietą religiniame, kultūriniame ir politiniame Lietuvos gyvenime bei palikę ryškų pėdsaką krašto istorijoje. Muziejaus patalpose įsikūręs Turizmo informacijos centras.
