Pirmą kartą istoriniuose šaltiniuose Žygaičių kaimas minimas 1561 m.. Kad šiose vietose gyvenama nuo seno, liudija čia rastos akmeninės įmovinės, kurios saugomos Kauno muziejuje. Per seniūniją teka Ežeruonos upė ir jos intakai Balčia, Kerupys, Ringė, Tyrelupis, Elbertas, Dabrupis. Pirmąją medinę Romos katalikų bažnyčią 1608 m. Žygaičiuose pastatė Kerbedys. Apie XIX a. vidurį bažnyčia buvo žaibo sudeginta, o 1861 m. Vincento Norvaišos rūpesčiu ir parapijiečių pastangomis pastatyta nauja mūrinė bažnyčia. Žygaičių bažnyčia – neogotikinė, trijų altorių.XIX a. pabaigoje Žygaičiai buvo lietuviškos spaudos gabenimo į Lietuvą centru.
